Le cinquième programme porte sur 2 ans (2003-2004) pour un montant de US$ 3,6 millions. Il prend en compte la situation actuelle de transition politique du pays ; il s'inspire des recommandations formulées à l'issue de l'examen à mi-parcours, des résultats de l'évaluation du programme précédent et des conclusions issues des réunions stratégiques avec les partenaires du développement. Il vise à consolider les acquis du quatrième programme de pays tout en jetant les bases d'une programmation harmonisée avec les partenaires du Groupe des Nations Unies pour le Développement (GNUD), qui débutera en 2004. L'objectif à long terme est d'assurer une meilleure qualité de vie à la population burundaise : a) en promouvant l'hygiène de la procréation ; b) en alignant les tendances démographiques sur celles de la croissance économique dans le cadre de la reconstruction nationale et de la reprise économique ; et c) en atténuant les inégalités entre les hommes et les femmes. Le programme proposé se compose de deux sous-programmes à savoir : la Santé de la Reproduction et la Stratégie en matière de population et de Développement.