Le Fonds des Nations Unies pour la Population - UNFPA- coopère avec le Burundi depuis 1972. Cinq programmes ont été successivement financés.

Le premier programme d'assistance au Gouvernement du Burundi remonté à Juin 1979 pour un montant de US$ 5,1 millions, mais en 1972 et en 1978, deux projets sur les statistiques sanitaires et la création d'un Centre d'Etudes Démographiques pour le Développement étaient financés par l'UNFPA. Ce programme consistait en un ensemble de projets dont les objectifs étaient : l'intégration de la Planification Familiale (PF) dans le sysème de Santé Maternelle et Infatile et dans les services d'éducation pour la santé ; la collecte et l'analyse des données de base et l'initiation à la recherche.

Le second programme (1987- 1992) pour US$ 5 millions a poursuivi les mêmes objectifs avec un accent particulier sur l'intégration de la variable population dans les plans nationaux de développement.

Le troisième programme couvrait la période de 1993 à 1997 avec une extension d'une année (1998) pour un montant de US$ 7,8 millions ; Ce programme élaboré avant la crise a été exécuté dans un contexte socio-politique difficile ; cette situation a poussé l'UNFPA et le Gouvernement lors de la revue à mi-parcours du programme, en novembre 1995 à réorienter ses objectifs pour tenir compte d'une part des recommandations de la Conférence Internationale sur la Population et le Développement (CIPD 1994) et du contexte de crise d'autre part.

Le quatrième programme porte sur trois ans (1999-2001) pour un montant de US$ 8 millions. Il tire partie de l'expérience acquise dans le cadre du programme précédent et tient compte des priorités du Gouvernement et des activités menées d'autres donateurs. Conformément à son mandat, le FNUAP aide le Gouvernement du burundi à promouvoir la Santé de la Reproduction comme faisant partie intégrante des droits fondamentaux de la personne. L'actuel programme de pays est composé de trois sous-programmes consacrés respectivement à la santé en matière de reproduction, aux stratégies en matière de population et développement et au Plaidoyer. Les questions de genre et de l'égalité entre les sexes sont traitées de façon transversale dans les trois sous-programmes.

Le cinquième programme porte sur 2 ans (2003-2004) pour un montant de US$ 3,6 millions. Il prend en compte la situation actuelle de transition politique du pays ; il s'inspire des recommandations formulées à l'issue de l'examen à mi-parcours, des résultats de l'évaluation du programme précédent et des conclusions issues des réunions stratégiques avec les partenaires du développement. Il vise à consolider les acquis du quatrième programme de pays tout en jetant les bases d'une programmation harmonisée avec les partenaires du Groupe des Nations Unies pour le Développement (GNUD), qui débutera en 2004. L'objectif à long terme est d'assurer une meilleure qualité de vie à la population burundaise : a) en promouvant l'hygiène de la procréation ; b) en alignant les tendances démographiques sur celles de la croissance économique dans le cadre de la reconstruction nationale et de la reprise économique ; et c) en atténuant les inégalités entre les hommes et les femmes. Le programme proposé se compose de deux sous-programmes à savoir : la Santé de la Reproduction et la Stratégie en matière de population et de Développement.